En todos los Colegios FEC existe un servicio de capellanía que coordina el Equipo de Animación Pastoral del centro y que cuenta con sacerdotes, religiosos y diocesanos, que desempeñan una importante labor de acompañamiento, formación, presencia y celebración de la fe. 

Además, en algunos Colegios FEC existe una oferta de Catequesis que en unos casos finaliza con la Celebración de la Primera Comunión, pero que en otros constituye parte de un Itinerario de crecimiento en la fe que comienza antes de la Primera Comunión y finaliza cuando el alumnado termina su escolarización en el Centro, si bien existe continuidad en la comunidad cristiana a la que este pertenece. 

Los catequistas son educadores de los Centros, algunos religiosos y religiosas y padres y madres del alumnado, siempre bajo la coordinación del Coordinador de Pastoral del Centro. 

En FEC Santa Joaquina de Vedruna en concreto, es posible realizar Catequesis para la Primera Comunión de dos cursos, que además, se puede celebrar en el colegio en 4 Ed. Primaria. También hemos iniciado una Catequesis de Confirmación en 1 ESO para que el almnado pueda realizar el sacramento en 3 ESO en el propio centro.